Das Werkstättle wurde 1988 von der evangelischen Kirchengemeinde Pfullendorf gegründet. Die ursprüngliche Idee, psychisch kranken Menschen durch Arbeit eine neue Lebensstruktur zu bieten und sie in der Gesellschaft zu reintegrieren, wurde 1988 als Leitsatz wie folgt formuliert: Projekt zur Beschäftigung von psychisch Kranken, Behinderten und Langzeitarbeitslosen. Das Angebot des Werkstättle e.V. zielt auf die Lücke zwischen den Werkstätten für Behinderte und dem allgemeinen Arbeitsmarkt.

Aufgrund der großen Anzahl von Bewerbern und der stetig wachsenden Zahl Beschäftigter, die nicht unbedingt eine psychische Erkrankung haben, wurde der Leitsatz 2001 wie folgt verändert: Gemeinnütziger Verein zur Integration und Beschäftigung von Menschen, die in Gesellschaft, Arbeit und Beruf von der Ausgrenzung bedroht sind.

Zur Zeit beschäftigt das Werkstättle rund 150 Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen in Voll-, Teilzeit und im Zuverdienst.